Hòa thượng tôn sư xuất gia với Sư ông thượng Thiện hạ Hoa và được ngài dạy tu niệm Phật theo Tịnh độ tông. Song, Hòa thượng học kinh, luận, sử... thấy Thái tử Tất-đạt-đa tu Thiền mà được giác ngộ, các vị thánh tăng do tu Thiền mà chứng quả, chư Tổ cũng do tu Thiền mà sáng đạo. Nghi vấn này khiến Hòa thượng suy nghĩ và tìm hiểu tu Thiền. Phải chăng đây là chủng tử nhiều đời của Hòa thượng.

Sau khi vâng lời Sư ông làm một số Phật sự, Hòa thượng thấy phần nào đáp đền ơn giáo dưỡng của Sư ông trong muôn một, nên ngài quyết chí rời Phật học viện ra Vũng Tàu cất thất chuyên tu. Hành trang đem theo là bộ Đại tạng, để nương kinh, luận, sử mà thực hành. Hòa thượng vào thất với quyết tâm: “Nếu không sáng đạo quyết không ra thất”.

Qua thời gian công phu Hòa thượng liễu ngộ lý sắc không của Bát-nhã. Sau đó ngài ra thất dạy tu thiền. 

Năm 1971 Hòa thượng lập Tu viện Chơn Không, tuyển chọn mười vị tăng cho nhập chúng tu học chính thức, đa số là các vị xuất thân từ Phật học viện Huệ Nghiêm. Số tăng ni còn lại tuy rất mong được học tu thiền với Hòa thượng, nhưng chỉ được dự thính ở ngoại viện, chờ đến khóa II mới được nhận chính thức.

Suốt ba năm, mười thầy được đào tạo nghiêm túc, vừa học vừa tu. Sau đó Hòa thượng cất thất trên núi vắng cho các thầy nhập thất miên mật công phu. Nhờ cắt hết duyên ở một mình không tiếp xúc với ai, nên các thầy “phản quan tự kỷ” chuyên sâu hơn. Đa số các vị thể ngộ được tâm tông đều ở trong từ trường này. Đây là phần chủ đạo của Tu viện. Hòa thượng rất quan tâm việc này, nên tạo điều kiện tốt tối đa và trực tiếp hướng dẫn sát sao để quý thầy tu được kết quả tốt.

Tháng 04 năm 1975 Tăng ni từ Chơn Không, Bát Nhã xuống Phước Thái, Long Thành để lao động sản xuất, đa số là học trò chẳng ai biết cấy lúa, trồng khoai, tỉa đậu, đào giếng, phá rừng, lấp suối... Thế mà xuống đây các vị phải làm tất cả và làm việc suốt ngày, có khi phải làm cả ban đêm, ăn uống thì thiếu thốn, thường thì ăn khoai củ, bo bo... Lại ở xa Thầy, giờ học và ngồi thiền rất giới hạn, vì vậy Hòa thượng dùng mọi phương tiện giúp cho tăng ni giữ vững đạo tâm để tu ngay trong khi làm việc. Hòa thượng chỉ dạy tường tận từng chút; có khi phải lội ruộng, qua suối để trực tiếp hướng dẫn đệ tử làm cho kịp thời vụ. Từ tâm vô ngã vị tha, bằng bi trí, Hòa thượng đã vượt qua mọi khó khăn trong việc giáo hóa ở xã hội mới này.

Khi Thiền tông bắt đầu trở lại miền Bắc sau thời gian chiến tranh, thầy Trúc Thông Giác làm việc với các trường Đại học ở Hà Nội, Viện nghiên cứu Hán Nôm... sắp xếp mời Hòa thượng giảng dạy Thiền cho nhân viên, sinh viên, Phật tử ở Thủ đô nghe...

Rồi chùa Sùng Phúc được hiến cho Hòa thượng để có nơi chư tăng tới lui giảng dạy thiền. Hiện tại thiền viện Trúc Lâm Sùng Phúc là cơ sở của Thiền phái Trúc Lâm tại thủ đô Hà Nội, Phật tử tu học rất đông có tới hàng ngàn người. Thầy Thích Tâm Thuần làm trụ trì.

Chùa Lân dưới chân núi Yên Tử ngày xưa có một thời gian ngắn Phật hoàng Trần Nhân Tông tu ở đây, cũng được hiến cho Hòa thượng. Hòa thượng xây dựng Thiền viện Trúc Lâm Yên Tử có quy mô lớn, tầm cỡ di tích quốc gia. Hiện tại có rất nhiều đạo tràng được thành lập và có rất nhiều Phật tử về đây để nghe pháp và tu thiền. Thầy Thích Thông Phương làm trụ trì.

Năm 1994, Hòa thượng xây dựng Thiền viện Trúc Lâm Đà Lạt cho tăng ni tu vì khí hậu nơi đây mát mẻ, ngồi thiền dễ an tịnh. Xây dựng xong, Hòa thượng làm lễ khánh thành thiền viện, đối trước tăng ni, chính quyền và Phật tử, Hòa thượng nói lên tâm nguyện khôi phục Phật giáo đời Trần của ngài với những lý do:

Phật hoàng Trần Nhân Tông là người Việt Nam, là một ông vua anh minh tài đức tu thiền sáng đạo, lập ra phái Thiền hoàn toàn độc lập Việt Nam phù hợp với tâm tình, nguyện vọng, phong tục tập quán của người Việt. Nhờ thế mà Phật pháp dễ đi vào lòng người, nhất là không bị ảnh hưởng phong tục tập quán của người Hoa, người Ấn.

Nâng cao giá trị người tu Phật hiện nay, dẹp tan ý niệm sai lầm đánh giá đạo Phật quá thấp. Nếu đạo Phật dung thường, người tu ẩn dương nương Phật thì sao vua Trần Nhân Tông là một ông vua anh minh sáng suốt, dám bỏ ngôi vua để tu theo Phật và được ngộ đạo thành bậc Thánh tăng.

Thiền Trúc Lâm đơn giản thực tế dễ thực hành đối với tất cả mọi người từ vua quan đến thứ dân ai cũng tu học được. Ngài dạy, “Tâm mê là chúng sanh, tâm giác là Phật”. Ngay nơi tâm mình khéo trừ nhân ngã, dứt tham sân si thì tâm thanh tịnh sáng suốt hiện tiền, tâm này là tâm Phật của chính mình, thật đơn giản và thực tế. Tích cực hơn, đường đường là một ông vua tài đức, anh minh, trước đã bỏ ngôi vua đi tu, giờ đây lại đi vào nhân gian tiếp cận với dân dã để dạy họ xả bỏ mê tín dị đoan hướng tâm đến chánh tín, giữ năm giới không tạo nghiệp bất thiện mà tạo nghiệp lành bằng cách tu thập thiện giúp người chuyển khổ thành vui, chuyển phàm tục mê tối thành thánh hiền sáng suốt. Nhất là thiền Trúc Lâm tích cực sử dụng tinh thần khế lý khế cơ của đạo Phật giúp vua quan lẫn thứ dân sống nhịp nhàng ngay nơi hoàn cảnh hiện tại của đất nước rất thành công. 

Sau khi xây dựng chùa Lân - thiền viện Trúc Lâm Yên Tử, ngày 01 tháng 11 âm lịch là ngày viên tịch của Phật hoàng Trần Nhân Tông, Hòa thượng làm lễ tưởng niệm để nhớ ơn. Rồi năm nào tăng ni Phật tử thuộc Thiền phái Trúc Lâm đều về đây để dự lễ. Và bây giờ vào ngày này các Ban trị sự giáo hội Phật giáo tỉnh trong cả nước đều trân trọng làm lễ tưởng niệm vị minh quân an dân trị nước và giữ nước lỗi lạc trong lịch sử nước nhà, một Thiền sư vĩ đại tu ngộ đạo, lập ra phái Thiền độc lập Việt Nam, phù hợp với tâm tình căn cơ người Việt tu học lợi ích rất thiết thực.

Qua hành trạng của Hòa thượng, ngài tu thiền không Thầy chỉ dạy, nhưng quyết tâm tu, quên mình vì đạo nên tâm đạo của Hòa thượng tự sáng ra thấu suốt được LẼ THẬT. Từ trí vô sư, ngài đã xử lý bao nhiêu sự việc, từ nuôi dạy đồ chúng xuất gia đến giáo hóa Phật tử tại gia vững lòng tin với thiền, có được niềm vui trong công phu tu tập. Đáng kể là vượt qua mọi thách thức trở ngại của xã hội khó khăn một cách nhẹ nhàng hòa vui. Ngài khôi phục lại Phật giáo đời Trần dòng thiền Trúc Lâm Yên Tử mấy trăm năm bị phai mờ. Các thiền viện được xây dựng và hướng dẫn tu thiền rất tốt, chư tăng ni có năng lực tu học sâu xa vững vàng, giáo hóa Phật tử hướng về tu tập, mang lại phúc lành cho xã hội. Từ trí vô sư của Hòa thượng chủ đạo nên tất cả đều hoàn mãn tốt đẹp.