Sau đây tóm tắt ý chính từng cửa để chúng ta biết đường hướng của Tổ dạy ứng dụng tu.
Cửa thứ nhất Bát-nhã
Cửa Bát-nhã chỉ cho chúng ta biết mình có bản tâm, đó là trí tuệ Bát-nhã. Bản tâm ấy có đầy đủ diệu dụng, không một thần chú nào có thể sánh kịp. Chư Phật chư Bồ-tát đều nương nơi trí tuệ Bát-nhã mà thành chánh đẳng chánh giác. Như vậy cửa thứ nhất là chỉ mới giới thiệu thôi chứ chưa đặt vấn đề tu.
Cửa thứ hai Phá tướng luận
Cửa thứ nhất ngài đã chỉ nơi mỗi người chúng ta đều có bản tánh thanh tịnh, nhưng muốn nhận ra phải phá tướng là phá cái vỏ chấp bên ngoài. Thường thường người tu không chấp tướng đẹp xấu mà chấp tướng tu hành như tụng kinh niệm Phật, cúng dường xây tháp, đúc tượng... Chúng ta chấp những hình thức đó là thật, rồi đem hết tâm quy ngưỡng cho là cứu cánh. Nhưng nếu tu như vậy thì làm sao thành Phật. Cho nên đến đây ngài phá dẹp hết sự tướng, để chỉ cho chúng ta một lối duy nhất là trở về bản tâm.
Cửa thứ ba Nhị chủng nhập
Tới cửa thứ ba mới bắt đầu bước vào hai phần Sự và Lý. Trước là lý nhập rồi sau là sự nhập.
Lý nhập là nương nơi giáo điển để nhận ra bản tâm, trở về sống với bản tâm. Nhưng muốn thể nhập lý phải nương nơi sự, nếu chỉ y lý thôi thì khó tiến. Vớ sự có hai thứ chướng cần phải trừ là khổ và vui. Nếu gặp khổ không than, gặp vui không mừng thì không bị chướng ngại. Vì vậy nên ngài dạy Báo oán hạnh và Tùy duyên hạnh để dẹp hai thứ chướng khổ vui. Kế đến dứt tâm mong cầu, gọi là Vô sở cầu hạnh để sống phù hợp với tự tánh. Tuy nhiên đây chỉ mới vào ngưỡng cửa thôi chứ chưa vào trong nhà.
Cửa thứ tư Pháp môn an tâm
Tới đây Tổ dạy cho chúng ta cách an trụ tâm. Muốn an tâm thì không mắc kẹt trong đối đãi. Vì còn mắc kẹt vào pháp đối đãi là còn vọng tưởng sanh diệt. Vì vậy muốn an tâm phải vượt qua đối đãi.
Cửa thứ năm Ngộ tánh luận
Đến đây Tổ chỉ thẳng cho chúng ta nhận ra bản tánh của chính mình. Nói an tâm mà an ở đâu? An trụ nơi bản tánh của mình. Nhận ra và sống bằng bản tánh là an tâm. Như vậy đến đây là đã kiến thiết xong ngôi nhà của Tổ. Nhưng kiến thiết xong còn phải giữ gìn củng cố.
Cửa thứ sáu Huyết mạch luận
Cửa này luận về sự thiết yếu của người tu là làm sao sống được với bản tánh thanh tịnh, rồi khởi dụng công tu hành thì không sai lệch, gọi đó là chánh. Không nhận được bản tánh mà khởi tu thì sai. Như vậy là Tổ đã giản trạch tà chánh, đó là điều chủ yếu để người tu khỏi rơi vào đường tà.
Tóm lại từ cửa thứ nhất đến cửa thứ sáu của ngôi nhà Tổ đã mở. Ai bước vô nhà rồi thì được an ổn. Ai chưa vô thì chưa thấy tổ Bồ-đề-đạt-ma. Ý chỉ của Tổ là Trực chỉ nhân tâm, kiến tánh thành Phật chứ không đi thứ tự. Nhưng vì phương tiện để dẫn dắt người tu hành, ngài mở ra sáu cửa để chúng ta bước từ cửa này qua cửa kia vào tận nhà Tổ tức là động Thiếu Thất. Khi học xong quyển luận này rồi chúng ta y đây mà tu không nghi ngờ, vừa có nghi ngờ là bị chướng ngại. Như vậy Tổ đã từ bi chỉ cho chúng ta trình tự tiến tu để nhận ra bản tánh thanh tịnh của mình.