Hành giả trong bậc Tam thừa tu hành đạo nghiệp khế hội chân lý đều do trừ chướng hiển lý, chớ không việc gì khác. Vì sao? Người Nhị thừa trừ Tứ trụ hoặc gọi là được Thánh quả, lại không có pháp nào khác. Bậc Đại sĩ Bồ-tát phá sạch trần sa vô minh chướng hiển bày lý Bồ-đề cũng không tu pháp gì lạ. Lấy đây mà xét nếu người hay khéo dùng Lục diệu môn đối trị phá nội, ngoại chướng tức là tu đạo nghiệp, chứng đạo quả, lại không có đạo nào khác.

Thế nào là công dụng Lục diệu môn đối trị? Hành giả cần phải biết bệnh, biết thuốc. Thế nào là biết bệnh? Nghĩa là biết tam chướng:

1. Báo chướng: tức là Thập bát giới, Thập nhị nhập hiện đời không thiện, thô động, tán loạn làm chướng ngại.
2. Phiền não chướng: là các thứ phiền não Tam độc, Thập sử v.v…
3. Nghiệp chướng: là những chướng đạo ác nghiệp thời quá khứ, hoặc hiện tại trong khoảng chưa thọ báo hay làm chướng ngại Thánh đạo.

Hành giả trong khi tọa thiền tam chướng phát khởi phải khéo biết tướng của nó, dùng pháp môn này đối trị trừ diệt. 

Thế nào trong khi tọa thiền biết tướng báo chướng v.v… khởi và pháp đối trị?

1. Phân biệt nghĩ ngợi tâm tán động chạy theo các cảnh không tạm dừng trụ, gọi là báo chướng. Tâm phù động ngoa xảo chạy theo các cảnh, tán loạn tung hoành như khỉ, vượn gặp cây khó mà kềm chế. Khi ấy hành giả nên dùng pháp Sổ tức, Sổ tức điều tâm chính là chân đối trị vậy. Cho nên Phật nói: “Người duyên lự nhiều, dạy Sổ tức.”
2. Trong khi tọa thiền hoặc tâm cũng hôn trầm, cũng tán loạn. Hôn trầm tức là tâm không ghi nhớ, mờ mịt muốn ngủ. Tán loạn là tâm phù động rong ruổi. Khi ấy hành giả nên dùng Tùy tức, khéo điều tâm. Tùy tức soi tỏ hơi thở ra, vào, tâm y hơi thở dứt các duyên không cho ý phân tán. Soi tỏ hơi thở ra, vào trị bệnh vô ký hôn trầm, tâm nương hơi thở trị bệnh rong ruổi lăng xăng.
3. Trong khi tọa thiền nếu biết thân tâm bực bội, hơi thở thô, tâm tán loạn lộn xộn, khi ấy hành giả phải dùng Chỉ. Buông thả thân thể, phóng xả hơi thở, kềm tâm lóng đứng dứt các duyên lự, đó là pháp trị.

Thế nào là phiền não chướng khởi và pháp đối trị?

Phiền não có ba thứ, pháp đối trị cũng có ba:

1. Trong khi tọa thiền tham dục phiền não khởi, khi ấy hành giả nên dùng Cửu tưởng quán trong Quán môn và pháp Bội xả ban đầu cùng hai pháp thắng xứ, các pháp quán bất tịnh để đối trị.
2. Trong khi tọa thiền sân nhuế phiền não khởi, khi ấy hành giả phải dùng Từ, Bi, Hỉ, Xả v.v… trong Quán môn mà đối trị.
3. Trong khi tọa thiền ngu si tà kiến phiền não khởi, khi ấy hành giả nên dùng Hoàn môn phản chiếu Thập nhị nhân duyên, Tam không, các đạo phẩm phá dẹp nguồn tâm quay về bản tánh là pháp đối trị.

Thế nào là nghiệp chướng và cách đối trị?

Nghiệp chướng có ba thứ, pháp đối trị cũng ba:

1. Trong khi tọa thiền bỗng nhiên cấu tâm mờ mịt, quên mất cảnh tâm duyên, đó là nghiệp chướng hắc ám khởi. Khi ấy, hành giả phải dùng Tịnh phương tiện, niệm Ứng thân Phật có ba mươi hai tướng thanh tịnh sáng suốt trong Tịnh môn mà đối trị.
2. Trong khi tọa thiền bỗng nhiên khởi nghĩ ác, suy nghĩ tham dục v.v… không có pháp ác nào mà chẳng nghĩ, đó là tội nghiệp của đời quá khứ đã tạo. Khi ấy, hành giả nên niệm Báo thân Phật có Nhất thế chủng trí hoàn toàn thanh tịnh và những công đức thường, lạc v.v… trong Tịnh môn để đối trị.
3. Trong khi tọa thiền nếu có các thứ tướng cảnh giới ác hiện khởi, cho đến ép ngặt thân tâm, đó chính là ác nghiệp chướng do đời này, hoặc đời trước đã tạo. Khi ấy, hành giả nên niệm Pháp thân Phật bản tịnh không sanh, không diệt, bản tánh thanh tịnh, trong Tịnh môn để đối trị.

Đây là lược nói Lục diệu môn đối trị, đoạn trừ tam chướng. Nếu nói rộng không ngoài mười lăm thứ chướng.

Lại nữa, hành giả trong khi tọa thiền nếu phát các thứ thiền thâm định, giải thoát, trí tuệ khác, hoặc các thứ chướng khởi, phải y cứ Lục môn khôn khéo dùng đối trị. Các thứ chướng thô, tế đã trừ, chân như thật tướng tự hiển, Tam minh, Lục thông tự phát, Thập lực, Tứ vô sở úy, tất cả công đức, hạnh nguyện của chư Phật, Bồ-tát tự nhiên hiện tiền không do tạo tác. Cho nên kinh chép: “Lại thấy chư Phật, tự nhiên thành Phật đạo.”